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      ☆ 1、如有部分內(nèi)容理解不透或消化不好，可免費(fèi)在以后培訓(xùn)班中重聽；
      ☆ 2、在課程結(jié)束之后,授課老師會(huì)留給學(xué)員手機(jī)和E-mail,免費(fèi)提供半年的課程技術(shù)支持，以便保證培訓(xùn)后的繼續(xù)消化；
      ☆3、合格的學(xué)員可享受免費(fèi)推薦就業(yè)機(jī)會(huì)。
      ☆4、合格學(xué)員免費(fèi)頒發(fā)相關(guān)工程師等資格證書，提升您的職業(yè)資質(zhì)。

• Sequencher 是 DNA 序列分析的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)軟件。它可以和所有的自動(dòng)序列分析儀一同工作，并且因?yàn)樗臉O速 Contig 組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具，以及卓越的技術(shù)支持而眾所周知。從差不多15年前釋出第一個(gè)版本到現(xiàn)在，Sequencher 在每個(gè)基因?qū)I(yè)和制藥公司中都應(yīng)用于序列分析任務(wù)，同時(shí)在全球超過40個(gè)國(guó)家里為數(shù)眾多的學(xué)術(shù)和政府實(shí)驗(yàn)室中使用。Sequencher 被生命科學(xué)研究者們使用于許多不同的 DNA 序列分析應(yīng)用方面，包括基因重組、突變檢測(cè)、法醫(yī)的人體辨別，以及分類學(xué)等等...
• Sequencher 的能力包括雜合子和 SNP 的檢測(cè)和分析，從DNA 到 染色體 DNA 的大型間隙對(duì)準(zhǔn)，比較排序，對(duì)置信評(píng)分的支持、ORF 轉(zhuǎn)換、基因銀行特性化導(dǎo)入、以及限制酶映射等等。Sequencher新版本為5.4.6。
  
• 所有DNA序列分析的新功能和增強(qiáng)功能：
• Sanger：
• 從Primer-BLAST發(fā)送引物對(duì)序列，在Sequencher Connections中運(yùn)行到Sequencher項(xiàng)目
• 輕松使用項(xiàng)目窗口中的共有序列作為混合測(cè)序項(xiàng)目的NGS對(duì)比的參考序列
• New Batch Revert Trim Ends命令
• 能夠在項(xiàng)目窗口中調(diào)整字體大小
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• NGS：
• 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
• 構(gòu)建可重復(fù)用于與全基因組對(duì)比的GSNAP數(shù)據(jù)庫和BWA索引
• 使用FastQC報(bào)告查看和保存NGS原始數(shù)據(jù)文件的質(zhì)量得分和元數(shù)據(jù)
• 生成變體調(diào)用文件（VCF）以使用SAMtools標(biāo)記NGS對(duì)齊中的變體
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• RNA-Seq：
• 擴(kuò)展袖和套裝，加入Cuffquant和Cuffnorm
• Cuffdiff和Cuffnorm的獨(dú)特條件和重復(fù)編輯器
• 增強(qiáng)的RNA-Seq可視化，具有自定義排序和過濾選項(xiàng)
• 使用增強(qiáng)的外部數(shù)據(jù)瀏覽器輕松管理所有DNA-Seq和RNA-Seq項(xiàng)目
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• Sequencher 產(chǎn)品特性：
• SNP 檢測(cè) (SNP Detection)
• 序列裝配 (Sequence Assembly)
• 序列編輯 (Sequence Editing)
• 自動(dòng)分析 (Automated Analysis)
• 矢量微調(diào) (Vector Trimming)
• SNP 檢測(cè)
• 使用 Sequencher 來進(jìn)行比較對(duì)準(zhǔn)以便鑒別和報(bào)告 SNP 以及突變。
• 例如，調(diào)用第二峰，功能分析你的所有序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義一個(gè)雜合子的嚴(yán)格度。
• 在裝配總攬中表示出所有雜合子的位置
• 你可以從一個(gè)雜合子跳到下一個(gè)，而僅僅需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察一致及其參考序列的轉(zhuǎn)換。
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  一致及其參考序列的區(qū)別會(huì)列在一個(gè)可導(dǎo)出的表格內(nèi)。參考序列確保從一個(gè)裝配到下一個(gè)裝配時(shí)，SNP 的數(shù)目保持一致。
• 序列裝配
• Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準(zhǔn)確的裝配起來。自覺的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。
• 你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會(huì)比較前端和反轉(zhuǎn)補(bǔ)體方向來裝配極可能的 Contig。
• 將 Sequencher 的多功能裝配工具應(yīng)用到：
• 確定矢量構(gòu)造
• 裝配病毒和細(xì)菌基因組
• 從 DNA 庫中聚類數(shù)以萬計(jì)的序列
• 將基因變體和一個(gè)參考序列做對(duì)比
• 創(chuàng)建一個(gè)引物地圖
• 將 DNA 裝配成基因組序列
• 以及其他許多項(xiàng)目...
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• 下一代DNA測(cè)序（NGS）
• Sequencher通過將新的同行評(píng)審的NGS算法從命令行中帶入直觀的點(diǎn)擊界面，為臺(tái)式科學(xué)家提供支持。無論是執(zhí)行參考引導(dǎo)的比對(duì)，從頭組裝，變體調(diào)用還是SNP分析，Sequencher都擁有獲得結(jié)果所需的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，用于深入轉(zhuǎn)錄分析和RNA-Seq數(shù)據(jù)的差異基因表達(dá)。Sequencher可以使用自定義圖表和圖表輕松生成RNA-Seq數(shù)據(jù)的獨(dú)特可視化，從而在幾秒鐘內(nèi)為您提供可用于發(fā)布的圖形。
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• Sanger DNA分析
• Sequencher廣泛的Sanger分析功能是它構(gòu)建的基礎(chǔ)。從頭到尾可定制，沒有其他程序可以為您提供與Sequencher相同的功能。憑借易于使用的界面已經(jīng)磨煉超過25年，第一次用戶將在幾分鐘內(nèi)感覺像專業(yè)人士。修剪讀取，自定義裝配和對(duì)齊算法，變化表，摘要報(bào)告，注釋等所有內(nèi)容。
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• 序列編輯
• Sequencher 能夠給你足夠的信心認(rèn)為一個(gè)序列是絕對(duì)正確的。你可以只觀察一個(gè)序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時(shí)查看多個(gè)對(duì)齊的色譜圖。 在你的已對(duì)齊數(shù)據(jù)中滾動(dòng)是很容易的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來高亮不一致或者低質(zhì)量的區(qū)域。
• 自動(dòng)分析
• Sequencher 可對(duì)你的數(shù)據(jù)進(jìn)行批處理，這個(gè)過程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的，并且 Sequencher 從不為了自動(dòng)化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。
  當(dāng)你工作在多個(gè)序列時(shí)，Sequencher 可以：
  
• 調(diào)用第二峰
• 調(diào)整矢量
• 調(diào)整低質(zhì)量的尾端
• 創(chuàng)建一致序列
• 恢復(fù)到實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
• Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù)，一份編輯過的，一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當(dāng)你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項(xiàng)目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時(shí)，你可以撤銷所有或者部分編輯動(dòng)作。
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• 自從 4.5 以后，Sequencher 就包含了一個(gè)新的自動(dòng)化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為一個(gè)共享的標(biāo)識(shí)符，或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動(dòng)轉(zhuǎn)換為 Contig。例如，僅僅通過一個(gè)按鈕的點(diǎn)擊，你就可以將 90 個(gè)文件，45對(duì)前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個(gè)根據(jù)你的病人編號(hào)命名的 Contig。裝配參數(shù)的每個(gè)變化都會(huì)重組你的片段，因此你可以根據(jù)克隆編號(hào)、日期、引物，或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征，來裝配 Contig。
• 如果你做了許多排序，你會(huì)感激“Assemble by Name”，尤其是在你有許多個(gè)帶有一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)引物集的樣本序列時(shí)。事實(shí)上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應(yīng)用包括：
• 用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
• 候選基因的 PCR 產(chǎn)品的分析。
• 對(duì)保存的跨系統(tǒng)分類物種基因的排序。
• 通過跟蹤病毒對(duì)抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對(duì)病毒序列進(jìn)行監(jiān)控。
• 即使在項(xiàng)目中只有一個(gè) Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因?yàn)樗_保 Contig 的名稱可以精確的表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復(fù)雜的名字時(shí)，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。
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• 矢量調(diào)整
• 自動(dòng)排序器以基礎(chǔ)調(diào)用錯(cuò)誤生成結(jié)果。從 DNA 庫克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾，或其他不相關(guān)序列。內(nèi)含子和引物序列通常會(huì)和放大的外顯子序列側(cè)面相連。不調(diào)整的話，這些污染物會(huì)扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調(diào)整低質(zhì)量或者含糊的數(shù)據(jù)。“Trim Ends”將令人誤解的數(shù)據(jù)從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的特定序列數(shù)據(jù)移除。“Trim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部。
• 在執(zhí)行一個(gè)調(diào)整之前，Sequencher 會(huì)顯示一個(gè)計(jì)劃調(diào)整的圖形描述，這個(gè)功能甚至允許你重新定義你的條件。
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• 系統(tǒng)要求：
• Macintosh最低要求：
• 10.7甚至更高
• RMA 3GB（使用NGS數(shù)據(jù)需要更多RAM，建議至少16GB。打印數(shù)據(jù)集可能需要額外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的355MB硬盤空間和用于NGS-Seq分析的額外320MB硬盤空間
• Windows最低要求：
• RAM 3GB（使用NGS數(shù)據(jù)需要更多RAM，建議至少16GB。大型數(shù)據(jù)集可能需要額外的RAM。）
• 用于Sanger DNA分析的280MB硬盤空間和用于NGS-Seq分析的額外580MB硬盤空間